Förutom mikroskop och petriskålar är datorer ett viktigt verktyg för mikrobiologer. Programvara för mikrobiologiforskning inkluderar verktyg som används av andra vetenskapliga och tekniska discipliner samt specialapplikationer för studier av bakterier och andra mikroorganismer. Många applikationer som utvecklats av myndigheter, ideella stiftelser eller akademiska forskare är tillgängliga som gratis programvara för nedladdning och användning som ditt experiment eller laboratorium kräver.
Visualiseringsverktyg
En fysisk eller mental bild av rådata du samlar in kan hjälpa dig att bättre förstå dess kvalitet, betydelse och konsekvenser. Programvara för öppen källkod och kommersiell datavisualisering är allmänt tillgänglig för mikrobiologisk forskning. Skapa diagram och grafer över dina data med LibreOffice Calc, Microsofts Excel eller Mondrians datavisualiseringssystem. Cell-O- och RasMol-applikationer hjälper dig att skapa 2D- och 3D-animerade modeller av biologiskt signifikanta molekyler som proteiner och aminosyror.
Matematisk modellering
Stora samlingar av mikrobiologiska data ger ofta mer meningsfull information när de har analyserats numeriskt. MATLAB, Octave och SciPy mjukvarupaket som utför matematisk förfining, analys och modellering av forskarnas data. Använd dessa paket för att göra parameteruppskattning genom kurvanpassning, epidemiologiska förutsägelser, bakterietillväxtsimuleringar och dataljud eller eliminering av stokastisk effekt. Den här applikationen utför också statistiska beräkningar, som variansanalys eller Chi-square-tester.
Genombioinformatik
Programvaruapplikationer för mikrobiologi hjälper dig också att visualisera och utvinna information från sekvensen av nukleinsyror som utgör en mikroorganisms DNA. Open Bioinformatics Foundation erbjuder gratis open source-DNA-sekvenserings- och analysapplikationer som BioJava och Biopython som extraherar data från genominformationsbanker, analyserar en organisms DNA-kod och jämför dem med andra DNA-prover. Ytterligare genomanalyspaket inkluderar Emboss, HMMER, Clustal Omega, Fylogeny Inference Package eller PHYLIP och Sequence Manipulation Suite eller SMS.
Referensprogramvara
Den snabba takt som vetenskaplig upptäckt inom mikrobiologi och förändrade statliga bestämmelser gör det viktigt att mikrobiologer har lätt tillgång till den information som påverkar deras arbete. HUGO är ett kommersiellt mjukvarupaket som ger mikrobiologer aktuell information om verktyg, kemikalier, utrustning, odlingsmedier, säkerhetskrav, nya organismer, taxonomiska förändringar och antibiotika. Dessutom kan mikrobiologer som arbetar inom livsmedelsvetenskap använda webbläsaren ComBase Browser för att få tillgång till de livsmedelsrelaterade mikrobiologiska uppgifter som tillhandahålls av myndigheter i Storbritannien, Australien och USA.
